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【基因学苑】生物信息培训VIP课程 - 带源码课件
├── 01生物信息入门
│ └── 01生物信息入门.mp4
├── 02Linux基础
│ ├── 02Linux介绍.mp4
│ ├── 03Linux基础.mp4
│ ├── 04目录结构.mp4
│ ├── 05文件操作1.mp4
│ ├── 06文件操作2.mp4
│ ├── 07编辑脚本.mp4
│ └── 08权限和任务管理.mp4
├── 03生物软件及数据库
│ ├── 09生物软件简介.mp4
│ ├── 10安装已编译软件.mp4
│ ├── 11源代码编译.mp4
│ ├── 12环境配置.mp4
│ ├── 13bioconda.mp4
│ ├── 14腾讯云安装软件.mp4
│ ├── 15虚拟环境.mp4
│ └── 16生物数据库管理.mp4
├── 04illumina测序原理及数据处理
│ ├── 17测序数据下载.mp4
│ ├── 18了解测序这件事.mp4
│ ├── 19illumina测序原理之建库.mp4
│ ├── 20illumina测序原理之测序.mp4
│ ├── 21fastq文件介绍.mp4
│ ├── 22fastq文件处理.mp4
│ └── 23数据质控和过滤.mp4
├── 05pacbio测序原理及数据处理
│ ├── 24pacbio测序原理.mp4
│ └── 25pacbio数据处理.mp4
├── 06nanopore测序原理及数据处理
│ ├── 26nanopore测序原理.mp4
│ ├── 27碱基识别.mp4
│ └── 28nanopore数据处理.mp4
├── 07解决软件报错
│ └── 29解决软件报错.mp4
├── 08新冠病毒数据分析
│ ├── 30新冠病毒测序.mp4
│ ├── 31下载新冠病毒基因组序列.mp4
│ ├── 32下载新冠分析数据库.mp4
│ ├── 33新冠病毒快速鉴定.mp4
│ ├── 34新冠参考基因组拼接.mp4
│ ├── 35新冠病毒拼接结果验证.mp4
│ ├── 36拼接新冠病毒基因组.mp4
│ └── 37ArticNetWork流程.mp4
├── 09构建系统发育树
│ ├── 38构建系统发育树.mp4
│ ├── 39iTol美化系统发育树.mp4
│ └── 40变种病毒识别.mp4
├── 10二代基因组拼接
│ ├── 41了解基因组拼接.mp4
│ ├── 42基因组拼接原理.mp4
│ ├── 43kmer估计基因组大小.mp4
│ ├── 44二代测序拼接算法.mp4
│ └── 45二代测序拼接实战.mp4
├── 11拼接结果统计及评估
│ ├── 46fasta格式文件介绍与处理.mp4
│ ├── 47quast评估.mp4
│ ├── 48busco评估.mp4
│ └── 49tablet以及bandage评估.mp4
├── 12基因组拼接探索
│ ├── 50基因组拼接探索.mp4
│ └── 51混合拼接.mp4
├── 13三代测序基因组拼接
│ ├── 52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4
│ ├── 53组装结果纠错.mp4
│ ├── 54细菌完成图.mp4
│ └── 55不同物种拼接练习.mp4
├── 14基因组序列分析
│ ├── 56原核生物基因预测.mp4
│ ├── 57真核生物基因预测.mp4
│ ├── 58基因功能注释.mp4
│ ├── 59ncRNA分析.mp4
│ └── 60重复序列分析.mp4
├── 15序列比对
│ ├── 61blast比对.mp4
│ ├── 62blast使用案例.mp4
│ └── 63全局比对.mp4
├── 16共线性分析
│ ├── 64共线性分析.mp4
│ └── 65MCScanX共线性分析.mp4
├── 17基因家族分析
│ └── 66基因家族分析.mp4
├── 18测序数据比对
│ ├── 67测序数据比对.mp4
│ ├── 68段序列比对练习.mp4
│ ├── 69长读长序列比对.mp4
│ └── 70多重比对问题如何处理.mp4
├── 19sam和bam文件处理
│ ├── 71sam和bam格式文件介绍.mp4
│ ├── 72sam和bam处理案例（上）.mp4
│ └── 73sam和bam处理案例（下）.mp4
├── 20Linux高级操作
│ ├── 74生物信息常用文件格式.mp4
│ ├── 75正则表达式.mp4
│ ├── 76文件搜索.mp4
│ ├── 77文本筛选grep.mp4
│ └── 78文本编辑.mp4
├── 21表格处理
│ ├── 79cut-sort-uniq.mp4
│ ├── 80表格处理awk.mp4
│ ├── 81bioawk.mp4
│ ├── 82csvtk.mp4
│ └── 83datamash.mp4
├── 22shell编程
│ ├── 84shell变量.mp4
│ ├── 85shell循环.mp4
│ └── 86shell判断.mp4
├── 23生物信息分析服务器简介
│ ├── 87服务器简介.mp4
│ ├── 88硬件选购.mp4
│ ├── 89安装操作系统.mp4
│ ├── 90选择RAID.mp4
│ ├── 91设置云服务器.mp4
│ ├── 92yum工具.mp4
│ └── 93磁盘操作.mp4
├── 24生物信息分析平台搭建
│ ├── 100配置R语言分析环境.mp4
│ ├── 101安装网络应用.mp4
│ ├── 94基础环境配置.mp4
│ ├── 95升级centos-stream.mp4
│ ├── 96重置服务器练习.mp4
│ ├── 97用户管理.mp4
│ ├── 98配置生物软件.mp4
│ └── 99配置生物数据库.mp4
├── 25ubuntu系统配置
│ ├── 102ubuntu系统配置.mp4
│ └── 103虚拟机安装ubuntu.mp4
├── 26R语言基础入门
│ ├── 104R语言简介.mp4
│ ├── 105R语言以及Rstudio安装.mp4
│ ├── 106rstudio设置.mp4
│ ├── 107开始使用R.mp4
│ ├── 108R环境设置.mp4
│ ├── 109R包管理.mp4
│ └── 110文件操作.mp4
├── 27R数据结构
│ ├── 111向量.mp4
│ ├── 112向量索引.mp4
│ ├── 113矩阵.mp4
│ ├── 114数据框.mp4
│ └── 115因子列表缺失数据.mp4
├── 28R数据处理
│ ├── 116数据处理.mp4
│ ├── 117数据转换.mp4
│ ├── 118随机抽样以及数据探索.mp4
│ ├── 119分组计算以及数据透视表.mp4
│ ├── 120tidyverse.mp4
│ └── 121dplyr数据处理.mp4
├── 29R统计检验
│ ├── 122独立性卡方检验.mp4
│ ├── 123独立性t检验.mp4
│ └── 124相关性检验.mp4
├── 30R统计建模
│ ├── 125统计建模.mp4
│ ├── 126购物篮分析.mp4
│ └── 127机器学习预测乳腺癌.mp4
├── 31R基础绘图
│ ├── 128R语言技巧.mp4
│ ├── 129R基础绘图.mp4
│ ├── 130直方图.mp4
│ ├── 131饼图以及扇形图.mp4
│ ├── 132条形图以及分组条形图.mp4
│ ├── 133箱线图以及小提琴图.mp4
│ ├── 134韦恩图.mp4
│ └── 135绘图布局.mp4
├── 32ggplot2绘图
│ ├── 136ggplot2绘图.mp4
│ ├── 137ggplot2散点图直方图条形图.mp4
│ ├── 138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4
│ ├── 139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4
│ ├── 140ggplot2扩展.mp4
│ └── 141科学文献绘图.mp4
├── 33基因表达调控简介
│ ├── 142基因表达调控.mp4
│ ├── 143GEO数据库简介.mp4
│ └── 144关于基因的概念.mp4
├── 34RNAseq概述
│ ├── 145RNAseq简介.mp4
│ ├── 146RNAseq原理.mp4
│ ├── 147RNAseq建库方法.mp4
│ ├── 148RNAseq不同测序平台比较.mp4
│ └── 149RNAseq定量方法.mp4
├── 35RNAseq分析
│ ├── 150RNAseq分析环境搭建.mp4
│ ├── 151Bioconductor.mp4
│ ├── 152下载参考序列.mp4
│ ├── 153下载练习数据.mp4
│ ├── 154数据质控过滤.mp4
│ ├── 155hisat2建立索引.mp4
│ ├── 156hisat2比对.mp4
│ ├── 157featureCounts计数.mp4
│ ├── 158STAR比对.mp4
│ └── 159HTSeq-count计数.mp4
├── 36利用R分析RNAseq数据
│ ├── 160DESeq2分析RNAseq数据.mp4
│ ├── 161DESeq2练习.mp4
│ ├── 162edgeR分析RNAseq数据.mp4
│ └── 163edgeR练习.mp4
├── 37差异表达基因注释以及富集分析
│ ├── 164差异表达基因功能注释.mp4
│ ├── 165富集分析.mp4
│ ├── 166注释富集练习.mp4
│ ├── 167非模式生物注释富集.mp4
│ └── 168GSEA分析.mp4
├── 38单细胞测序概述
│ ├── 169单细胞测序概述.mp4
│ ├── 170单细胞测序原理.mp4
│ └── 171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4
├── 39单细胞测序数据分析
│ ├── 172单细胞分析环境搭建.mp4
│ ├── 173利用cellranger分析单细胞数据.mp4
│ ├── 174结果解读.mp4
│ ├── 175LoupeBrowser.mp4
│ └── 176_10x练习数据.mp4
├── 40利用Seurat分析单细胞数据
│ ├── 177安装Seurat.mp4
│ ├── 178Seurat读取数据.mp4
│ ├── 179质控过滤以及标准化.mp4
│ ├── 180聚类.mp4
│ ├── 181细胞亚群分类.mp4
│ ├── 182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4
│ └── 183Seurat练习.mp4
├── 43空间转录组
│ └── 192空间转录组.mp4
├── 44宏基因组简介
│ ├── 193宏基因组简介.mp4
│ └── 194宏基因组建库测序.mp4
├── 45宏基因组分析环境搭建
│ ├── 195宏基因组分析环境搭建.mp4
│ └── 196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4
├── 46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│ ├── 197物种分类原理.mp4
│ ├── 198centrifuge安装.mp4
│ ├── 199centrifuge数据库.mp4
│ ├── 200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4
│ ├── 201pavian结果可视化.mp4
│ └── 202物种分类练习.mp4
├── 47临床病原微生物检测
│ ├── 203临床样本病原微生物检测.mp4
│ └── 204批量进行致病菌鉴定.mp4
├── 48二代宏基因组测序数据分析
│ ├── 205二代宏基因组分析软件安装.mp4
│ ├── 206二代宏基因组分析数据库下载.mp4
│ ├── 207kneaddata质控.mp4
│ ├── 208metaphlan物种分类.mp4
│ └── 209humann功能分析.mp4
├── 49宏基因组分析结果可视化
│ ├── 210megan物种分类结果可视化.mp4
│ └── 211stamp分组比较.mp4
├── 50二代宏基因组拼接
│ ├── 212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4
│ └── 213二代宏基因组真实数据拼接.mp4
├── 51三代纳米孔宏基因组拼接
│ ├── 214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4
│ ├── 215nanopore模拟数据拼接.mp4
│ ├── 216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4
│ └── 217纳米孔组装纠错.mp4
├── 52宏基因组功能分析
│ ├── 218宏基因组基因预测.mp4
│ ├── 219cdhit去冗余.mp4
│ ├── 220宏基因组基因功能注释.mp4
│ └── 221宏基因组定量分析.mp4
├── 53metawrap分箱
│ ├── 222metawrap分箱.mp4
│ ├── 223metawrap配置.mp4
│ └── 224metawrap案例.mp4
├── 54扩增子分析简介
│ ├── 225扩增子测序简介.mp4
│ ├── 226OTU还是ASV？.mp4
│ ├── 227alpha和beta多样性.mp4
│ ├── 228.16S分析环境搭建.mp4
│ ├── 229metadata.mp4
│ └── 230探索16S序列.mp4
├── 55利用qime2分析16S数据
│ ├── 231qiime2简介.mp4
│ ├── 232qiime2导入数据.mp4
│ ├── 233qiime2实战.mp4
│ ├── 234多样性分析.mp4
│ ├── 235物种分类鉴定及可视化.mp4
│ └── 236不同组间丰度差异比较.mp4
├── 56利用R分析16S数据
│ ├── 237拆分barcode.mp4
│ ├── 238利用dada2处理16S数据.mp4
│ ├── 239dada2物种分类鉴定.mp4
│ ├── 240dada2练习案例.mp4
│ ├── 241利用phyloseq可视化结果.mp4
│ └── 242.16S功能分析.mp4
├── 57人基因变异检测
│ ├── 243人基因组分析简介.mp4
│ ├── 244全基因组与外显子和panel测序.mp4
│ ├── 245参考序列的影响.mp4
│ └── 246拼接与reads比对方法比较.mp4
├── 58人基因组数据分析环境搭建
│ ├── 247人基因组分析环境搭建.mp4
│ └── 248瓶中基因组.mp4
├── 59二代测序变异检测
│ ├── 249gatk简介.mp4
│ ├── 250变异检测原理.mp4
│ ├── 251生成bam.mp4
│ ├── 252bam文件处理.mp4
│ ├── 253gatk变异检测.mp4
│ ├── 254外显子与panel数据分析.mp4
│ ├── 255vcf文件.mp4
│ └── 256snp注释.mp4
├── 60三代纳米孔变异检测
│ ├── 257纳米孔测序变异检测原理.mp4
│ ├── 258纳米孔数据比对.mp4
│ └── 259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4
└── 61igv变异可视化
└── 260igv变异可视化.mp4
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