医学大数据挖掘系列课程
4 基因表达甲基化识别肿瘤预后因子
6 多组转录组筛选癌症预后标志物
1 识别单基因家族在癌症中预后作用
5 癌症亚型间特异基因表达突变模式
3 识别自噬相关的预后标志物
2 识别DNA甲基化生物标志物
7 识别癌症lncRNA预后标志物
多组转录组筛选癌症预后标志物
课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
课时01.Part1&分析流程概述.avi
课时07.数据和代码下载见pc端左下角参考资料.swf
课时05.Part5&生存相关基因的识别和验证.avi
课时03.Part3&批次效应校正及效果评估.avi
课时04.Part4&差异表达分析.avi
课时06.联合多组转录组数据筛选癌症预后标志物讲解.avi
课时03.基因家族预后作用的识别.avi
课时01.分析流程概述.avi
课时02.在线工具简介.avi
课时04.识别基因家族在癌症中的预后作用--资料.swf
资料.zip
生信套路分析-识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式
课时09.识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式（程序补充）.avi
课时01.Part1&分析流程概述.avi
课时10.见本课程pc端左下角参考资料.swf
课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
课时08.Part8&GEO数据集验证.avi
课时06.Part6&亚型特异性体细胞突变.avi
课时05.Part5&亚型的生物学过程.avi
课时07.Part7&亚型的生物标志物.avi
课时04.Part4&亚型特异性基因获取.avi
课时03.Part3&识别分子亚型.avi
基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子联合分析
课时03.Part3&差异表达差异甲基化基因的获取.avi
课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
课时06.基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子（代码补充）.avi
课时05.Part5&DLL3基因表达水平验证.avi
课时01.Part1&分析流程概述.avi
课时07.代码和资料见pc端左下角参考资料.swf
课时04.Part4&预后相关差异基因的识别.avi
数据预处理
最终程序
2ENSG.zip
RMA.zip
数据.zip
识别自噬相关的预后标志物
课时11.左下角-参考资料.swf
课时04.Part4&自噬相关风险标记的识别.avi
课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
课时05.Part5&自噬相关标记与临床信息的相关性.avi
课时09.Part9&风险标记与基因突变的相关性.avi
课时08.Part8&癌症预后风险预测.avi
课时01.Part1&分析流程概述.avi
课时10.识别自噬相关的预后标志物-程序讲解.avi
课时07.Part7&独立预后标志物的验证.avi
课时06.Part6&独立预后标志物的识别.avi
课时03.Part3&自噬基因表达模式的识别.avi
DNA甲基化标志物-代码和资料
课时07.左下角-参考资料.swf
课时05.生存相关基因和甲基化的识别.avi
课时01.分析流程概述.avi
课时06.识别DNA甲基化生物标志物（代码讲解）.avi
课时02.数据获取及预处理.avi
课时04.关键模块的识别.avi
课时03.差异基因和甲基化的获取.avi
lncRNA
课时04.Part4&预后相关lncRNA的识别.avi
课时03.Part3&差异表达lncRNA的获取.avi
课时07.见本课程PC端左下角参考资料.swf
课时06.基于lncRNA表达谱识别癌症潜在预后标志物(代码补充).avi
课时01.Part1&分析流程概述.avi
课时05.Part5&lncRNA验证及功能分析.avi
课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
资料
资料
3.验证批次效应：主成分分析.R
3.验证批次效应：线性回归.R
2.探针匹配+基因组重注释.R
4.差异表达.R
5.利用正常样本对单cox进行验证.R
5.利用TCGA数据对单cox结果验证.R
5.单因素生存内部交叉验证.R
1.数据预处理+去批次.R
3.验证批次效应：热图.R
6.多cox生存分析.R
5.单因素生存分析.R
资料
数据
程序
资料
程序
Result
TCGA_data.rar
程序
数据
数据
程序
代码.R
mutsig
GSE417
GSE898
tcga
cluster.exe.lnk
TreeView-1.1.6r4-win.zip
gsea-3.0.jar
数据
程序
Result
Picture
2-DifferentAnalysis.r
1-DataProcess.r
3-WGCNA.r
4-Survival.r
3-关键基因验证.r
1-数据预处理.r
2-关键基因筛选.r
result
rawdata
mRNA差异表达分析
TCGA原始数据
差异甲基化分析
GSE16011原始数据
CGGA原始数据
生存
关键基因验证-DLL3
3个独立集验证.R
风险标记与基因突变.R
诺模图and校正曲线.R
高低风险组与临床信息.R
数据预处理.R
gsea-3.0.jar
独立预后因素.R
Cox.R
EAC.output.txt
result.txt
mutation_type_dictionary_file.txt
exome_full192.coverage.zip
TCGA.ESCA.varscan.9dab6855-ba5e-4afb-b3a0-f034a6f82eb2.DR-10.0.somatic.maf
gene.covariates.txt
chr_files_hg19.rar
Result
rawdata.zip
GSE13898_series_matrix.txt
consensus002.png
标准化-898.txt
标准化-898_1.txt
898_exp.gct
标准化-898.atr
express-898.txt
标准化-898.cdt
898-亚型.txt
consensus014.png
标准化-898.png
898_sub.cls
consensus011.png
consensus001.png
consensus003.png
GPL4372.txt
417_去掉样本.txt
consensus015.png
GPL6102-11574.txt
consensus013.png
consensus010.png
consensus005.png
consensus006.png
consensus012.png
consensus004.png
consensus002.png
标准化-417.txt
consensus008.png
consensus014.png
consensus007.png
express-417.txt
标准化-417_1.txt
consensus009.png
GSE19417_series_matrix.txt
consensus002.png
consensus011.png
diff_exp.txt
consensus009.png
HUPER_core_exp.atr
HiSeqV2
consensus005.png
tcga_huatu_1.txt
HUPER_core_exp.txt
tcga-亚型.txt
图片1.png
tcga_huatu.txt
consensus012.png
ESCA_clinicalMatrix.txt
eca-tcga.txt
consensus004.png
go_diff.txt
WANG_core_exp.txt
WANG_core.txt
WANG_core_exp.cdt
tcga-sub.txt
diff.txt
consensus010.png
HUPER_core_exp.jtv
HUPER_BREAST_BASAL_VS_LUMINAL_UP.gmt
consensus003.png
WANG_core_exp.atr
consensus006.png
consensus007.png
HUPER_core_exp.png
consensus013.png
consensus008.png
sample.cls
HUPER_core_exp.cdt
tcga_sub.cls
gsea-tcga.gct
consensus014.png
consensus001.png
consensus015.png
WANG_core_exp.png
WANG_BARRETTS_ESOPHAGUS_AND_ESOPHAGUS_CANCER_DN.gmt
Rplot.png
silhou.png
tcga_exp.gct
HUPER_core.txt
WANG_core_exp.jtv
标准化-tcga.txt
kegg_diff.txt
goujian.gmt
methy450_module_site.txt
Exp_module_gene.txt
Methy450_module_num.txt
Methy450_DEsite_gene.txt
Methy450_limma_all.txt
Methy450_module_trait_PandCor.txt
methy450_module_gene.txt
Methy450_survival_all.txt
Venn_differentanalysis.csv
Exp_survival_all.txt
Exp_module_num.txt
Methy450_module_site_PandCor.txt
Venn_WGCNA.csv
Exp_module_gene_PandCor.txt
Exp_limma_all.txt
Methy450_survival_select.txt
EXP_DEmRNA.txt
Exp_survival_select.txt
Clinical_table.txt
Methy450_DEsite.txt
Exp_module_trait_PandCor.txt
2-limma.R
1-探针表达谱到lncRNA标准化表达谱.R
5-生存分析.R
4-LASSO-lncRNA对GSE打分.R
3-LASSO.R
gdac.broadinstitute.org_OV.Clinical_Pick_Tier1.Level_4.2016012800.0.0
独立预后因素
Cox
自噬相关特征在分层数据
临床信息
主成分分析
Firehose
自噬相关微阵列表达谱
三个独立的群组验证八基因预后标记
图片
风险标记与基因突变
诺模图开发用于预测预后风险
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/~e4183XviGs~
